Селото е съществувало още по време на Втората българска държава. Подобно на с. Голям манастир,възникването му било свързано с големия манастирски комплекс,който според изследователите бил основан от Гр.Синаит. В публикациите върху турските данъчни регистри името му се споменавало най – вече през XVIIв. като Кючук манастир,Манастир и сагър, Малъкманастир, Манастир кючук. С имената Кючук манастир и Малък манастир то било итбелязано и в документите от XIXв. Гърчеещите се българи го наричали арванип.
Допълнението кючук към основното име свидетелствало за неуспешните опити да му бъде дадено турско, а Авранип – гръцко име. Наличието на допълнението сагър показва, че селото имало и военно значение. През 1926 г. било осъвременено без административен акт,като било уточнено да се нарича Малък монастир, а Малък манастир – име което то носи и днес.
